My blog - Literature summary

Life is a long relay race, sometimes leading, sometimes lagging behind, no matter how it ends, just enjoy the process!

人生是一场漫长的接力赛，有时领先，有时落后，不管结局怎样，享受过程就好！

Updated time: 06/03 2025.

Keep updating

• column about python - DFT calculation
• metal developing log
• research - Au film
• research - graphene/two-dimensional material/diamane
• literary
• theory book/website

2025

06/04 2025.

• 修改文章

06/03 2025.

• 测试关闭LNEBCELL，ISIF=3看能否控制晶格弛豫不行
• 做NEB计算：ISIF=2弛豫晶格，结束后对结构再做ISIF=3弛豫z方向晶格

05/29 2025.

• 写一个和convergence工作流匹配的后处理画图

05/27 2025.

• 确认concerted相变的路径, 是和gamma-line接近的方向吗
• 写一个脚本，可以从POSCAR，以及预设的KSPACING，得到预计将生成的full kpoints, irreducible kpoints.

05/26 2025.

• 面内晶格常数 2.7/2.8/2.9 埃，z方向解除约束，计算NEB. 不行，LNEBCELL会导致全方向弛豫
• 处理TEM照片
• 给石墨烯到金刚石相变的人发邮件，询问中间态如何产生的，以及能垒问题

05/23 2025.

和刘韬讨论，现在nnp的任务先

• 确认DFT的计算参数，收敛性测试，NC的计算参数可能太严格了
• ENCUT可能1.3倍推荐值就可以了不够，至少得1.5对金来说
• 整体数据集的尺寸需要都扩到差不多大
• n2p2不能算单个原子的stress、
• 关于SF 的结构，不止γ-line
• 三个相之间的转变
• 数据集需要包括FCC BCC HCP薄膜结构，厚度变化过程中z方向的变化

05/21 2025.

• 写一个函数可以创建nnp dataset
• 写一个函数可以读入nnp dataset

05/20 2025.

• NEB计算有几个计算思路。Initial configuration: FCC; Final configuration: HCP.
  • SSNEB: VASP+VTST+Yin patch, ISIF=3, 计算不同面内晶格常数,并弛豫z方向晶格矢量的transition path
  • SSNEB: VASP+VTST, ISIF=3, 比较平衡结构bulk/film的transition path, 比较不同厚度film的transition path.
  • NEB, SSNEB: ISIF=2/3, 比较弛豫Z方向晶格矢量前后的transition path

05/13 2025.

• 如果可以solid-state NEB可以对变胞作过渡态搜索，为什么不直接对FCC和HCP作相变路径搜索完全可以，有人用这个方法研究石墨烯和金刚石间的相变。

05/12 2025.

• 能量分解图重新绘制

05/10 2025.

• 等刘韬文章成型尹老师发我初稿看看
• NEB 计算对应Transition pathway
• 修改上次讨论提的建议

05/07 2025.

• 构建一个小型数据集
• AIMD生成大型数据集
• 用小型数据集训练势函数，熟悉全流程

05/06 2025.

• Python+Lammps
• Python+VASP
• Python+N2P2

04/29 2025.

• Runner 安装
• 调研清楚 N2P2和Runner的区别
• 找刘韬/尹老师讨论一次相变文章
• 阅读BP, N2P2, 一些经典的Jörg Behler 的工作

04/26 2025.

• N2P2安装
• LAMMPS+N2P2 安装

04/24 2025.

• 找到一种可以帮助构建数据集的方法/包

04/16 2025.

• 学会用python跑lammps
• MD计算应变调控结果
• MD计算HCP金单双轴拉伸结果

04/09 2025.

• Abstract
• 正文第三次自修改
• 机器学习训练势函数调研，和刘韬师兄请教训练库的组成
• 机器学习训练流程熟悉掌握
• Appendix

04/01 2025.

• Double check TEM 分析结果，面内晶格常数和厚度的关系/局域应变的物理意义
• 重新绘制上述图和师兄SI标注比较
• Introduction 修改
• 2.79和2.8之间更精细搜索对DHCP相
• Appendix and Table

03/17 2025.

• 固定晶格常数下，计算厚度减薄过程中的表面效应。（现在计算得到的表面效应影响是两者的影响：表面+应变，单独应变的计算已经区分了，单独表面的还没有计算）

03/10 2025.

• 不同面内应变的中间过渡相

03/08 2025.

• 自定义修改已绘制多子图 (例如band+DOS plot) 的情况

03/06 2025.

• 如何用python运行phonopy-qha
• 可以用python测量HRTEM中的晶格常数吗可以
• 用pymatgen-lammps跑一下应变的调控结果

03/04 2025.

• 测试计算参数-KPOINTS/…

03/03 2025.

• 计算6层的声子谱和热力学性质仍然不影响
• 对bulk FCC/HCP，用24层模型计算其面内杨氏模量相近的结果

Winter vacation (less is more)

• 2025/01/27, 文章初稿, 补计算
• 2025/02/01, 补示意图，在家轻松点的工作
• 2025/02/08, 位错理论, Introduction to dislocations
• 2025/02/15, NEB等未完成的计算，ML potential拟合
• Phase Transformations in Metals and Alloys

01/23 2025.

• 不同应变调控下bulk 中间相的能量计算，例如另一篇文章中提出的中间路径。

01/22 2025.

• ASE和VASP/LAMMPS联用
• 了解matscipy工具
• 不同厚度薄膜的电子结构计算
• MD计算：薄层fcc/hcp双轴拉伸，看滑移系的开动。结合最大拉应力准则和fcc的\滑移
• 薄膜厚度变化时结构参数的变化是否可以用来分析fcc模量的下降不可以
• 继续滑移，栾晶等
• 训练势函数

01/20 2025.

• Zhang 金片取向 bulk 结构的单双轴拉伸
• 对面内杨氏模量拟合不准的点重新拟合

01/14 2025.

• 计算不同厚度的电子结构/-icohp
• 计算不同厚度的吉布斯自由能 bulk/6-layer

01/03 2025.

• 修改配色，使其更学术性

2024

12/31 2024.

• HCP 金的理论强度 （FCC金的理论强度是MD/DFT得到的）

12/24 2024.

• 对不同厚度的金作icohp计算
• 用lobster计算得到的pdos计算每个轨道的电荷数
• icohp应该加起来-验证分解正确

12/21 2024.

• 对6层薄膜作单双轴拉伸

12/19 2024.

• 仿照 nano letter/广州二维材料PTP那篇
• 相变路径-薄膜/块体

12/18 2024. :) :) :)

• 修改bulk模型，使得FCC/HCP结构相似，再去算COHP等…
• G/B 计算，确定 HCP Au是脆的，调研脆韧准则 根据双轴拉伸下HCP金滑移系的施密特因子为0可以解释解理的脆性断裂特征
• 学会用pymatgen计算
• 其他金属的应变调控
• Introduction to dislocations/相变理论

12/10 2024

• COHP/ICOHP 后处理，绘图，从轨道角度分析区别
• 把 plot 中的一些函数作为公共函数，例如修改legend等
• gamma line 点的补充，并计算斜率得到CRSS
• 位错理论
• 断裂力学
• gamma line 在正压力下的影响没必要
• gamma line 在静水压下的影响没必要
• zhs老师讨论总结
• 单拉（薄膜/bulk）
• bulk (静水压/单压) ， zhanghua引入其他计算
• COHP 、ICOHP和面内杨氏模量一起讨论解释不了模量的变化
• 温度的影响该如何考虑phonopy计算热力学校正
• MatterGPT 可以结合进我的工作吗不太行

12/05 2024.

• my_plot_band()

12/04 2024.

• bulk 单双轴拉伸
• 生成 ELF，观察电荷在实空间中的分布

11/26 2024.

• 单双轴调控 fcc/hcp bulk, 横轴 a, 纵轴 c，能量

11/25 2024.

• ~~变胞 fcc 和 hcp 可以过渡态搜索吗用中间相过渡代替

11/20 2024.

• ~~计算薄膜表面的 gamma line
• 应变能密度与厚度相关的变化

11/13 2024.

• 自由能矫正
• COHP 计算
• 能量的分解
• 文章初稿

11/12 2024.

• 用 pymatgen 生成高对称 K 点，并结合到工作流中
• 用 pymatgen 生成高质量 DOS+BANDS 图，并结合在后处理工作流中 编写了后处理修改图片函数general_modify_ploted_figure()

11/06 2024.

• 生成 python 包的完整 docstring.
• 修改 `my_read_vasp()` 输出 lattice scale factor
• 移除了 python 包对 ase, ovito 版本的依赖
• 张华文章中晶格取向的建模， 形成能计算

11/04 2024.

• 排除数据结果是由于K网格密度差异导致的

10/31 2024.

• 薄膜体系可以计算吉布斯自由能嘛 G
• gamma line 再加两条 - 能量相等时的 gamma line
• 是否可以仿照尹老师的那篇 JMPS 用 MD 和 DFT 结合，计算一个面内应变对 gamma line 的影响可以，但是缺乏理论部分
• 写一个计算 surface energy 的工作流

10/30 2024.

• 赵庆坤
  • Young's modulus 去掉 bulk, 再往右算
  • Surface energy 再往两边算一下，扩充一下数据
  • 补一个滑动示意图，如何相变，如何产生层错
  • 对于HCP晶格密排面方向看去的晶格间距，是否是均匀的，可以用GPA看，后续找张通要了数据，发给赵庆坤看一下
  • ISIF=6可以算Cij
  • 把2.7/2.8/2.9转换成对应的应变
  • 声子谱
  • 弹性模量是和电子结构紧密相关的，可以分析电荷密度，差分电荷分析键的强弱, 通过COHP和ICOHP得到了一致的结果
  • 带基底的计算本质上还是不算个非晶
  • 表面最外一层层间距比较他他也观察到过
  • 算厚度比较大的表面能看是否会出现反转 表面能是个和厚度无关的量，我们的结果也已经收敛了
  • 发了三篇文献，关于电子结构分析高熵合金，还可以看一些博士论文
  • 搜吴渊 北科大，HEA, First calculation principles.
  • 拿体积比，晶格常数可能比较意义不够准确
• ybl
  • bulk 的电子结构
  • 平衡晶格常数对应的gamma line
  • E 的分解
  • 实验上尝试过的基底的晶格常数，有无单晶的
  • 把尹老师算的那两个点也加进来
• 读那篇 ISF 和正压力相关的 JMPS
• 表面能的晶格常数取的是slab 12层的a~0~，应该算到bulk的a~0~
• my_plot.py 中关于尺寸的 bug 调试

10/28 2024.

• 为什么HCP比FCC的面内弹性常数大？- 从电子结构角度分析，从ICOHP角度计算了面内原子间的键强度
• 轴比图
• 层间距为什么最表面的一层离得比较远 - 有可能是最表面一层原子在面内方向最致密，导致离面方向反而更远，赵庆坤也观察到薄膜中的这个情况

10/22 2024.

• 写脚本 resubmit ISYM0
• 写脚本 clean_outcar, 结尾有大量的null
• 计算 16/20 层 FCC 金的弹性能密度
• 使用 python 绘制曲线
• 文章构图，文章框架构思

10/16 2024.

• 和老板讨论之后的工作方向

10/13 2024.

• 计算不同层数的能量差.
• 计算不同晶格常数下（2.7，2.8，2.9）的gamma-line.
• 安装尹老师版的 VASP，以及配套的vasp_utils.

10/09 2024.

• 对多个应变的HCP/FCC薄膜的表面能计算 - 8 % ， 10 %
• 生成相变的能垒模型
• 计算相变能垒

10/06 2024.

• 调研FCC->HCP，相变理论，相变驱动力
• 制定当前薄膜体系的相变研究框架
• 和尹老师讨论势垒的计算

10/05 2024.

• 判断FCC金是不是脆性的材料，以确定要不要以强韧化为研究方向 : bulk / thin film, fcc / hcp, 单双轴拉伸

10/04 2024.

• 可不可以用过渡态搜索完成相变机制的诠释

10/03 2024.

• 把昨天和老板说的-关于现在这个体系怎么相变的机制/能量-应变双机制写出来，完整描述

09/30 2024.

• 计算尹老师得到的两种材料表面能
• 大应变下能量的比较
• 分析体系能量由哪几部分构成（表面能，体能，界面能） => 表面能、弹性能、体相能量
• 有无可能算出势垒，依据过渡态计算
• 比较bulk下，抛物线和opt-ccell方法比较
• 速读固体物理导论 / 固体与表面/原子物理学
• 分析VASP中应力张量怎么计算出的
• 阅读《若干金属纳米多层膜界面结构及力学性能研究》博士论文中关于厚度对金属薄膜面内弹性常数的影响的文献

09/26 2024.

• 调研纳米金属薄膜的相变-能量-电子结构分析机制/方法

09/25 2024.

• 测试/比较低精度的12层薄膜HCP/FCC Au能量

09/24 2024.

• 测试/复现尹老师的计算结果：抛物线和 opt-cell 方法比较
• 晶体衬底和薄膜的复合结构
• Amorphous 需要统计多次才能有意义
• 带饱和键基底的符合模型需要提高收敛判据和准确度
• 把上表面的赝氢换成金？

09/23 2024.

• Pristine substrate DFT

09/22 2024.

• VASP6 on the super computer. 工程师说跟核数有关。确实，尽量用十的倍数，大核数也可以算，但是得调试参数

09/21 2024.

• Move test of heterostructures.

09/19 2024.

• Response letter about the technical detail.
• Investigate how to generate the H2 plasma.
• AFM experiment: AFM + 加热。先用机械剥离的石墨烯，金刚石探针扫。

09/10 2024.

• make a technology summary ppt, including CVD generating graphene.
• 中期答辩PPT/个人小结/开题报告
• re-sbatch the structure optimization of the bulk amorphous SiO2
• literatures ppt about review of diamane

09/08 2024.

• Compile Lammps manualy in the supercomputer

09/04 2024.

MD-DFT

• Use ReaxFF potential field to generate the amorphous SiO2
• generate composed models / hetrostructures.
• structural optimization.

08/02 2024.

• 制定一个计划，什么时候考雅思，以及科研进展

07/23 2024.

MD-DFT

• Amorphous SiO2
• model with amorphous substrate

Experiment

• read the literature sending by GY and make a report using ppt, distinguish the difficulty, hard work, purpose.

• try to work on AC water mode

• investigating the simulating literature cited GY’s nature nanotechnology work.

06/25 2024.

• try to use interface-master to search after hetbuilder followed Zur algorithm from Material project.

06/24 2024.

• investigating the literature about the phase transition of Ultra-Fe film.
• try to schedule the timetable of my work.
• write the ML essay.
• check if it need to add H atoms - yes

06/21 2024.

• read the literature about 《interface-master》

06/20 2024.

• read the literature about 《material project - ref 16, 22》，《Fireworks》, 《[atommata2](https://materialsproject.github.io/atomate2/user/fireworks.html)》 from [description](http://www.cailiaoniu.com/68761.html)
• read the literature about 《Zur algorithm - ref 38 in |Computational Approach for Epitaxial Polymorph Stabilization through Substrate Selection|》

Gao

• redraw the picture 5B
• write some sentence about Zur algorithm on SI-MD
• investigating the literature about surface effect to explain that the ultra-film’s decreasing modulus

06/19 2024.

• try to use similar DFT parameters in material project

• read the literature about 《substrate selection》/《Computational Approach for Epitaxial Polymorph Stabilization through Substrate Selection》
• MLMD

06/11 2024.

• find the heterostructure in the material project
• try to connect the ASE with VASP / LAMMPS

06/10 2024.

• ML jobs - train the selected models
• ML jobs - post confusion matrix.
• read the < Introduction to dislocations> in 2-week.
• DFT jobs

06/05 2024.

• For MD, draw the figure for ZT paper
• analysis the dislocation type number using the ovito python module.

05/17 2024.

• For DFT result, find the force vector and change the initial model.
• write a script to submit the job that doesn’t change the before information.
• For MD, maybe we should use the minimum step around the big-deformation region.

05/16 2024.

• read the 《Introduction of dislocation》
• 《DFT practice》 the exercise
• Analyze the result of MD simulation
• The ML job - write the code to train model.

05/02 2024.

• change the add hydro-surf function to make the interface more stable.

04/29 2024.

• select the heterostructure and sbatch the DFT job.
• MD simulation of nanoindentation.

04/23 2024.

• create some functions on mymetal package to check the strain component tensor. => 100%
• change the structure now only calculate the film strain. It's not correct absolutely.

04/21 2024.

• construct the doc file of mymetal package => 10%
• check the lower mismatch of heterostructure and sbatch jobs (film, film-substrate). => 100%
• create a function to adjust the z-component of Atoms object according to $\nu=0.5$
• calculate the surface fault energy of HCP/FCC gold using EAM potential.

04/02 2024.

• add the Pymatgen package => 100%
• add the matlab code to Mymetal I have done
• read the future reading list

04/01 2024.

I‘ll keep read those books:

• 材料学的纳米尺度计算模拟
• 密度泛函理论 (Density Functional Theory A Practical Introduction)
• 固体与表面
• Quantum Chemistry/ Electronic Structure: Basic Theory and Practical Methods

And the best learning method is to doing some calculation about them.

Another job is to collect the 《The Feynman’s Lectures on Physics》

03/30 2024.

I’ll add the content below ASAP :

• My summary about some useful function website, Github, unit convert website, special website about some specified function to `My blog - My summary` => Done
• Note other blog is about my experience, but the below blog'll included all content like other people's summary blog
• Create a blog to add everything I am interested in `summary/other blog`
• The literary on WeiXin could be added the category Summary/Literary/skimming or intensive reading, and we need to create some literary tag => 0%
• Add some VASP theoretical like some classical literatures to `Software/VASP/theory` => Done

I’ll do some work about my scientific research:

• find a website/notebook that could execute the DFT calculation from the first step. => 0%
• sbatch some jobs of the structure optimization for the primitive cell of the bulk HCP/FCC gold. => 100%
• generate the heterostructures using my package => 100%

03/29 2024.

I’ll add the content below ASAP :

• some tools => Done
• some my zhihu text => 100%
• deal with Wechat text => 100%
• Theoretical website resource => Done
• Developing package mymetal => Done

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