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大智若愚
Updated time: 04/23 2024.
Install package/software (Debian 12.5)
Lammps
Ref:
LAMMPS 的源代码安装相对复杂，因为它可以根据需要配置各种选项和扩展。下面是使用 CMake 进行安装的一种常规方法，包括了一些可能需要的依赖项如 FFTW 和 MPICH。
安装
1. 安装前准备
首先，确保你的系统上安装了编译工具和 CMake。另外，对于并行计算支持，你可能需要安装 MPI 实现，如 MPICH 或 OpenMPI。
sudo apt-get update
sudo apt-get install build-essential cmake git
sudo apt-get install mpich libmpich-dev
sudo apt-get install openmpi-bin openmpi-common libopenmpi-dev
mpirun --version
如果你打算使用 FFTW （用于更快的傅里叶变换），你也需要安装 FFTW 库：
sudo apt-get install libfftw3-dev libfftw3-double3
2. 获取 LAMMPS 源代码
从 GitHub 克隆 LAMMPS 的仓库：
git clone -b stable https://github.com/lammps/lammps.git lammps
cd lammps
这里我们选择了稳定版分支，但你也可以选择其他分支，如开发版等。
3. 使用 CMake 配置构建
创建一个构建目录并进入：
mkdir build
cd build
运行 CMake 来配置构建过程。你可以根据需要启用或禁用特定的包或功能：
cmake ../cmake -D PKG_MPI=yes # configuration reading CMake scripts from ../cmake
cmake --build . # compilation (or type "make")
# cmake ../cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/path/to/install/lammps
这里的 /path/to/install/lammps 应该被替换为你希望安装 LAMMPS 的目录。你可以添加额外的 CMake 选项来启用或禁用特定的 LAMMPS 包，例如：
-DPKG_MANYBODY=yes -DPKG_MOLECULE=yes
#test
/build/lmp -h
4. 编译和安装
编译 LAMMPS：
make -j4 # 使用4个核心进行编译，根据你的处理器调整这个数字
安装 LAMMPS：
make install
5. 测试安装
确保 LAMMPS 已正确安装，可以运行下面的命令测试：
/path/to/install/lammps/bin/lmp -h
这应该会显示 LAMMPS 的帮助信息，证明安装成功。
After the initial build, whenever you edit LAMMPS source files, enable or disable packages, change compiler flags or build options, you must re-compile and relink the LAMMPS executable with cmake --build . (or make). If the compilation fails for some reason, try running cmake . and then compile again. The included dependency tracking should make certain that only the necessary subset of files is re-compiled. You can also delete compiled objects, libraries, and executables with cmake --build . --target clean (or make clean).
6. 修改
在使用 ccmake . 进行配置时，退出 ccmake 的界面操作比较简单：
- 保存并生成配置：如果您已经进行了配置修改并希望保存这些更改，并生成用于编译的
Makefile：- 按下
c键以配置参数，可能需要多次按c直到所有配置问题解决并出现[g]enerate的选项。 - 完成配置后，按下
g键来生成Makefile并退出ccmake。
- 按下
- 退出而不保存更改：如果您想退出而不保存所做的更改：
- 按下
q键。如果您没有进行任何未保存的更改，这将直接退出ccmake。 - 如果您已经修改了配置但还未保存，系统会询问您是否真的要退出。此时，再次按
q确认退出而不保存更改。
- 按下
总的来说，ccmake 的操作主要通过界面底部的提示进行，按键操作直接响应于提示的指令。
修改配置
1. 打开 CMake 配置
首先，您需要进入到 LAMMPS 的源代码或构建目录，并使用 CMake 来修改现有配置。
使用命令行界面
如果您在终端中，可以使用 ccmake（面向字符的界面）或 cmake-gui（图形界面）：
cd /path/to/lammps/build
ccmake .
# 或者
cmake-gui .
在 ccmake 界面中：
- 按
t切换到高级视图。 - 使用键盘上下箭头选择要启用的包（包名称以
PKG_开头）。 - 按
Enter改变选项（ON/OFF）。 - 一旦完成配置，按
c进行配置，然后按g生成并退出。
在 cmake-gui 中：
- 修改包的选项，将它们从
OFF改为ON。 - 点击 “Configure”，然后 “Generate”。
修改 CMake 文件
或者，您可以直接编辑 CMake 命令行选项，在终端中运行：
cd /path/to/lammps/build
cmake -DPKG_MANYBODY=ON -DPKG_MOLECULAR=ON ..
上述命令启用了 MANYBODY 和 MOLECULAR 包。您可以根据需要启用更多包。
2. 重新编译 LAMMPS
配置完成后，重新编译 LAMMPS：
make -j $(nproc)
这里的 -j $(nproc) 选项允许并行编译，加快编译过程。$(nproc) 命令会自动替换为您系统中的处理器核心数。
3. 安装（可选）
如果您之前安装了 LAMMPS（通过 make install），则需要再次安装来更新安装的二进制文件：
make install
4. 验证
验证新包是否正确安装，可以运行：
/path/to/lammps/build/lmp -info
查看输出，确认新包已列出。
这些步骤将指导您通过添加所需的 LAMMPS 包来自定义您的模拟环境。
安装python包
2.2. Installation — LAMMPS documentation
To specify a virtual environment when installing LAMMPS using CMake, follow these steps:
1. First, create and activate your virtual environment:
python3 -m venv ~/myenv
source ~/myenv/bin/activate
2. When configuring LAMMPS with CMake, set the CMAKE_INSTALL_PREFIX to point to your virtual environment:
cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX='~/mysoft/env/mydft' ../cmake
3. Build and install LAMMPS:
cmake --build . --target install
4. You can also install the Python package with:
make install-python
This approach ensures that LAMMPS and its Python module are correctly integrated into your virtual environment.
安装Vorinoi/KIm 包
3.7. Packages with extra build options — LAMMPS documentation
Very easy using CMAKE.
VASP
6.3.2 (5.4.4 装不了)
Install intel Base/HPC toolkit
VASP 5.4.4编译与安装 - 知乎 (zhihu.com)
甚至可以用apt安装，但是我们需要自行编译 fftw，以及用apt安装的无法调用 icc 命令，应该是环境配置不对
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