My blog - Literature summary

It's never the umbrella that can get out of the rainy season, but the one who is not afraid of the wind and rain.

能走出雨季的从来不是雨伞，而是不惧风雨的自己。

Updated time: 06/04 2025.

VS code

Shift whole left: shift + Tab
           Right: Tab

Batch annotation: Ctrl + K + C
          Cancel： Ctrl + K + U

COMMAND: Ctrl + Shift + P

OUTLOOK

Emoij: Windows + Dot

Python3

python3 -m venv /path/name
pip config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

1、添加源
比如添加清华源https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple：

pip config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
如果set多次，似乎只能保存最后一次set的镜像源。

2、删除源
pip config unset global.index-url

3、查看现在用的哪个源
pip config list

Anaconda

conda activate ...
conda env list
conda list -e > requirement.txt
conda create -n ... python=3.11
conda env remove -n ...

1、添加源
比如清华源：
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
2、删除源
conda config --remove-key channels
3、查看现在用的是哪些源
conda config --show channels
也可以使用
conda config --show-sources

Linux

find

% find
% delete all files despite of 'relax.bash'
find . -type f ! -name 'relax.bash' -exec rm -f {} +
find . -type f ! \( -name 'POSCAR' -o -name 'INCAR' \) -print
find . -type f ! \( -name 'POSCAR' -o -name 'INCAR' -o -name 'POTCAR' \) -exec rm -f {} +

grep

% grep
% what line up and after around the line contained 'format'
grep -A 6 -B 6 'format' file
% grep energy
grep  without OUTCAR | tail -n 1
grep '  without' OUTCAR | tail -n 1  # 本人常用的是这个
grep sigma OUTCAR | tail -n 1

To see

% to see
diff file1 file2
more sub.vasp
cat sub.vasp
% to see the line number
cat -n filename.txt
% tail
tail -f slurm.txt

write to file

%create a file
cat > file.txt
Ctrl + D
% write content
echo ' ' >  file.txt
         >>              % append

chmod command

% for run script
chmod u+x sub.vasp

delete or add something on file

% delete specified line of the file
sed -i '10, 20d' filename.txt

% cat command
a = '$(cat POSCAR)'
echo '$a'

% add file to another file
sed -i 'N r tmp_file' filename.txt
% N - line

% delete file
rm -f /../../*.log

% delete directory
rm -rf /root/log/game

Unzip command

unzip .../*.zip
tar -zxvf .../*.tar.gz

cp command

% transfer the entirely directory
cp  -r /home/downloads/phpcms_v9_UTF8/install_package/ /opt/lampp/htdocs/

mv command

% move directory
mv ../../  ../

For internet

# all up
ip addr
# restart network
sudo systemctl restart networking
# if down, set up
sudo ip link set ens33 up
sudo dhclient ens33

Storage

lfs quota -uh $USER ~

Slurm

运行时间

目的	命令
查看历史任务时间	sacct -j <job_id>
正在运行任务时间	squeue -j <job_id>
总结资源使用率	seff <job_id>
日志文件末尾查看	tail slurm-<jobid>.out
自己记录时间	start=$(date +%s)

Git

# 配置Git用户信息
git config --global user.name "Your Name"  # 设置全局用户名
git config --global user.email "youremail@example.com"  # 设置全局邮箱地址
# SSH to cennected between git and github

# 初始化一个新的Git仓库
git init  # 在当前目录初始化新的Git仓库

# 克隆一个现有的仓库 # http / SSH (recommended)
git clone https://github.com/username/repository.git  # 克隆远程仓库到本地
git clone git@github.com:ShengLin1001/hetbuilder.git

# 查看状态
git status  # 查看当前工作目录和暂存区的状态

# 添加和提交更改
git add .  # 将所有修改和新文件添加到暂存区
git commit -m "Commit message"  # 提交暂存区到仓库区

# 推送更改到远程仓库
git push origin main  # 将本地的更改推送到远程仓库的main分支

# 更新你的本地仓库
git pull origin main  # 从远程仓库的main分支拉取最新更改并合并到本地

# 分支操作
git branch branchname  # 创建一个新分支
git checkout branchname  # 切换到指定分支
git merge branchname  # 将指定分支合并到当前分支

# 查看提交历史
git log  # 查看提交历史记录

alias

# see alias
git config --get-regexp alias

# 设置 'co' 为 'checkout' 的别名 git co branch-name
git config --global alias.co checkout

# 设置 'br' 为 'branch' 的别名
git config --global alias.br branch

# 设置 'ci' 为 'commit' 的别名
git config --global alias.ci commit

# 设置 'st' 为 'status' 的别名
git config --global alias.st status

# 设置 'lg' 为更美观的日志输出格式
git config --global alias.lg "log --graph --pretty=format:'%Cred%h%Creset -%C(yellow)%d%Creset %s %Cgreen(%cr) %C(bold blue)<%an>%Creset' --abbrev-commit"

# 设置 'unstage' 作为撤销暂存的别名
git config --global alias.unstage 'reset HEAD --'

# 设置 'last' 为查看最后一次提交的别名
git config --global alias.last 'log -1 HEAD'

# git ac ""
git config --global alias.ac '!git add -A && git commit -m'

# push and pull on main
git config --global alias.push 'push origin main'
git config --global alias.pull 'pull origin main'

Para

papp_cloud 是一个登录超算的命令行工具，具备ssh，scp，rsync, sftp, sshfs 等基础功能。

o 支持的操作系统

  - Linux x86_64/i686
  - Darwin x86_64

Flags:
  -h, --help     Show context-sensitive help (also try --help-long and --help-man).
  -V, --version  Show application version.
  -D, --debug    Enable debug mode.
  -s, --select   select a vpn link route.

Commands:
  help [<command>...]
    Show help.

  ssh [<flags>] <destination> [<command>...]
    Ssh is a sub command for logging into a remote machine and for executing commands on a remote machine.

    example:

      1. 使用paratera帐号登录广州超算(IPv4)

      $ papp_cloud ssh paratera@gz                                                   

      2. 使用paratera帐号登录广州超算(IPv6)

      $ papp_cloud ssh -6 paratera@gz                                                   


  sshfs [<flags>] <source ... target>...
    SSHFS - filesystem client based on SSH.

    example:


       1.挂载广州超算目录/home/paratera到本地挂载点/localdir

       $ papp_cloud sshfs paratera@gz:/home/paratera /localdir

  scp [<flags>] <source ... target>...
    Scp copies files between hosts on a network.

    example:

      o Upload

      1. 使用paratera帐号上传file1，file2文件到广州超算的paratera用户家目录(IPv4)

      $ papp_cloud scp file1 file2 paratera@gz:/home/paratera           

      2. 使用paratera帐号上传file1，file2文件到广州超算的paratera用户家目录(IPv6)

      $ papp_cloud scp -6 file1 file2 paratera@gz:/home/paratera           

      o Download

      1. 使用paratera帐号下载广州超算paratera用户家目录下的file1 文件到本地的/data
      目录(IPv4)

      $ papp_cloud scp paratera@gz:/home/paratera/file1 /data           

      2. 使用paratera帐号下载广州超算paratera用户家目录下的file1 文件到本地的/data
      目录(IPv6)

      $ papp_cloud scp -6 paratera@gz:/home/paratera/file1 /data           


  sftp [<flags>] <destination>...
    Sftp is a file transfer program, similar to ftp.

    example:

      1. 使用paratera帐号登录广州超算(IPv4)

      $ papp_cloud sftp paratera@gz                           

      2. 使用paratera帐号登录广州超算(IPv6)

      $ papp_cloud sftp -6 paratera@gz                           


  rsync [<flags>] <source ... target>...

    Rsync copies files either to or from a remote host, or locally on the current host (it does not support copying files between two remote hosts

    example:

      o Upload

      1. 使用paratera帐号同步file1，file2文件到广州超算的paratera用户家目录(IPv4)

      $ papp_cloud rsync file1 file2 paratera@gz:/home/paratera         

      2. 使用paratera帐号同步file1，file2文件到广州超算的paratera用户家目录(IPv6)

      $ papp_cloud rsync -6 file1 file2 paratera@gz:/home/paratera         

      o Download

      1. 使用paratera帐号下载广州超算paratera用户家目录下的file1 文件到本地的/data
      目录(IPv4)

      $ papp_cloud rsync paratera@gz:/home/paratera/file1 /data         

      2. 使用paratera帐号下载广州超算paratera用户家目录下的file1 文件到本地的/data
      目录(IPv6)

      $ papp_cloud rsync -6 paratera@gz:/home/paratera/file1 /data         

  login --user=USER --[no-]password
    Login paratera cloud service.

    example:

      $ papp_cloud login -u user@paratera.com -p

  logout
    Logout paratera cloud service.

    example:

      $ papp_cloud logout

  lsc
    list super computer centers.

  accounts
    list super computer center accounts

papp_cloud ssh scg6928@zc-m6

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