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  1. Install package/software (Debian 12.5)
  2. Lammps
    1. 安装
      1. 1. 安装前准备
      2. 2. 获取 LAMMPS 源代码
      3. 3. 使用 CMake 配置构建
      4. 4. 编译和安装
      5. 5. 测试安装
      6. 6. 修改
    2. 修改配置
      1. 1. 打开 CMake 配置
        1. 使用命令行界面
        2. 修改 CMake 文件
      2. 2. 重新编译 LAMMPS
      3. 3. 安装（可选）
      4. 4. 验证
    3. 安装python包
      1. 1. First, create and activate your virtual environment:
      2. 2. When configuring LAMMPS with CMake, set the CMAKE_INSTALL_PREFIX to point to your virtual environment:
      3. 3. Build and install LAMMPS:
      4. 4. You can also install the Python package with:
    4. 安装Vorinoi/KIm 包
  3. VASP
    1. 6.3.2 (5.4.4 装不了)
      1. Install intel Base/HPC toolkit
    2. hdf5
  4. 建立联系 本地和超算的 git
    1. 1. 创建初始 git, 超算
    2. 2. 本地仓库，创建连接
    3. 3. 设置裸仓库的默认分支, 在裸仓库中，手动将HEAD指向默认分支（例如main）：
      1. 3.1 设置 .gitignore 忽略 __pycache__ 文件夹
    4. 4. 本地同步
  5. myalloy 和 mymetal 安装
    1. myalloy
    2. mymatal
    3. ~/opt/bin/python3 pip3
  6. Github 配置
    1. 设置用户信息
    2. 配置常用的 Git 别名
    3. 设置格式化的日志显示
    4. 创建一些快捷别名
    5. 设置默认推送和拉取操作
    6. 方法 3：使用 Git 的别名来简化操作

He knows most who speaks least.

大智若愚

Updated time: 10/31 2024.

Install package/software (Debian 12.5)

Lammps

Ref:

LAMMPS 的源代码安装相对复杂，因为它可以根据需要配置各种选项和扩展。下面是使用 CMake 进行安装的一种常规方法，包括了一些可能需要的依赖项如 FFTW 和 MPICH。

安装

1. 安装前准备

首先，确保你的系统上安装了编译工具和 CMake。另外，对于并行计算支持，你可能需要安装 MPI 实现，如 MPICH 或 OpenMPI。

sudo apt-get update
sudo apt-get install build-essential cmake git
sudo apt-get install mpich libmpich-dev
sudo apt-get install openmpi-bin openmpi-common libopenmpi-dev
mpirun --version

如果你打算使用 FFTW （用于更快的傅里叶变换），你也需要安装 FFTW 库：

sudo apt-get install libfftw3-dev libfftw3-double3

2. 获取 LAMMPS 源代码

从 GitHub 克隆 LAMMPS 的仓库：

git clone -b stable https://github.com/lammps/lammps.git lammps
cd lammps

这里我们选择了稳定版分支，但你也可以选择其他分支，如开发版等。

3. 使用 CMake 配置构建

创建一个构建目录并进入：

mkdir build
cd build

运行 CMake 来配置构建过程。你可以根据需要启用或禁用特定的包或功能：

cmake ../cmake -D PKG_MPI=yes   # configuration reading CMake scripts from ../cmake
cmake --build .                 # compilation (or type "make")
# cmake ../cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/path/to/install/lammps

这里的 /path/to/install/lammps 应该被替换为你希望安装 LAMMPS 的目录。你可以添加额外的 CMake 选项来启用或禁用特定的 LAMMPS 包，例如：

-DPKG_MANYBODY=yes -DPKG_MOLECULE=yes
#test
/build/lmp -h

4. 编译和安装

编译 LAMMPS：

make -j4  # 使用4个核心进行编译，根据你的处理器调整这个数字

安装 LAMMPS：

make install

5. 测试安装

确保 LAMMPS 已正确安装，可以运行下面的命令测试：

/path/to/install/lammps/bin/lmp -h

这应该会显示 LAMMPS 的帮助信息，证明安装成功。

After the initial build, whenever you edit LAMMPS source files, enable or disable packages, change compiler flags or build options, you must re-compile and relink the LAMMPS executable with cmake --build . (or make). If the compilation fails for some reason, try running cmake . and then compile again. The included dependency tracking should make certain that only the necessary subset of files is re-compiled. You can also delete compiled objects, libraries, and executables with cmake --build . --target clean (or make clean).

6. 修改

在使用 ccmake . 进行配置时，退出 ccmake 的界面操作比较简单：

  1. 保存并生成配置：如果您已经进行了配置修改并希望保存这些更改，并生成用于编译的 Makefile：
    • 按下 c 键以配置参数，可能需要多次按 c 直到所有配置问题解决并出现 [g]enerate 的选项。
    • 完成配置后，按下 g 键来生成 Makefile 并退出 ccmake。
  2. 退出而不保存更改：如果您想退出而不保存所做的更改：
    • 按下 q 键。如果您没有进行任何未保存的更改，这将直接退出 ccmake。
    • 如果您已经修改了配置但还未保存，系统会询问您是否真的要退出。此时，再次按 q 确认退出而不保存更改。

总的来说，ccmake 的操作主要通过界面底部的提示进行，按键操作直接响应于提示的指令。

修改配置

1. 打开 CMake 配置

首先，您需要进入到 LAMMPS 的源代码或构建目录，并使用 CMake 来修改现有配置。

使用命令行界面

如果您在终端中，可以使用 ccmake（面向字符的界面）或 cmake-gui（图形界面）：

cd /path/to/lammps/build
ccmake .
# 或者
cmake-gui .

在 ccmake 界面中：

  • 按 t 切换到高级视图。
  • 使用键盘上下箭头选择要启用的包（包名称以 PKG_ 开头）。
  • 按 Enter 改变选项（ON/OFF）。
  • 一旦完成配置，按 c 进行配置，然后按 g 生成并退出。

在 cmake-gui 中：

  • 修改包的选项，将它们从 OFF 改为 ON。
  • 点击 “Configure”，然后 “Generate”。

修改 CMake 文件

或者，您可以直接编辑 CMake 命令行选项，在终端中运行：

cd /path/to/lammps/build
cmake -DPKG_MANYBODY=ON -DPKG_MOLECULAR=ON ..

上述命令启用了 MANYBODY 和 MOLECULAR 包。您可以根据需要启用更多包。

2. 重新编译 LAMMPS

配置完成后，重新编译 LAMMPS：

make -j $(nproc)

这里的 -j $(nproc) 选项允许并行编译，加快编译过程。$(nproc) 命令会自动替换为您系统中的处理器核心数。

3. 安装（可选）

如果您之前安装了 LAMMPS（通过 make install），则需要再次安装来更新安装的二进制文件：

make install

4. 验证

验证新包是否正确安装，可以运行：

/path/to/lammps/build/lmp -info

查看输出，确认新包已列出。

这些步骤将指导您通过添加所需的 LAMMPS 包来自定义您的模拟环境。

安装python包

2.2. Installation — LAMMPS documentation

To specify a virtual environment when installing LAMMPS using CMake, follow these steps:

1. First, create and activate your virtual environment:

python3 -m venv ~/myenv
source ~/myenv/bin/activate

2. When configuring LAMMPS with CMake, set the CMAKE_INSTALL_PREFIX to point to your virtual environment:

cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX='~/mysoft/env/mydft' ../cmake

3. Build and install LAMMPS:

cmake --build . --target install

4. You can also install the Python package with:

make install-python

This approach ensures that LAMMPS and its Python module are correctly integrated into your virtual environment.

安装Vorinoi/KIm 包

3.7. Packages with extra build options — LAMMPS documentation

Very easy using CMAKE.

VASP

6.3.2 (5.4.4 装不了)

Install intel Base/HPC toolkit

VASP 5.4.4编译与安装 - 知乎 (zhihu.com)

intel Base

intel HPC

https://www.intel.com/content/www/us/en/developer/articles/technical/building-vasp-with-intel-mkl-and-intel-compilers.html

甚至可以用apt安装，但是我们需要自行编译 fftw，以及用apt安装的无法调用 icc 命令，应该是环境配置不对

hdf5

编译支持HDF5的VASP - 哔哩哔哩 (bilibili.com)

  • 安装HDF5

下载HDF5及相关的SZIP和ZLIB，链接如下

ZLIB: https://www.zlib.net/zlib-1.2.11.tar.gz

SZIP: https://support.hdfgroup.org/ftp/lib-external/szip/2.1.1/src/szip-2.1.1.tar.gz

HDF5: https://www.hdfgroup.org/downloads/hdf5/source-code/

安装HDF5 和VASP 的编译器必须一致
  • 安装
export CC=icc
export CXX=icpc
export FC=ifort
export CFLAGS='-O3 -xHost -ip'
export CXXFLAGS='-O3 -xHost -ip'
export FCFLAGS='-O3 -xHost -ip'
tar -zxvf szip-2.1.1.tar.gz
cd szip-2.1.1
./configure --prefix=~/bin/szip
make
make check
make install

tar -zxvf zlib-1.2.7.tar.gz
cd zlib-1.2.7
./configure --prefix=~/bin/zlib
make
make install

tar -zxvf hdf5-1.8.8.tar.gz
cd hdf5-1.8.8
./configure --prefix=~/bin/hdf5 --enable-fortran --with-szip=~/bin/szip --with-zlib=~/bin/zlib
make
make install
  • VASP编译

修改makefile.include，添加

#HDF5-support (optional but strongly recommended)
CPP_OPTIONS+= -DVASP_HDF5
HDF5_ROOT  ?= ~/bin/hdf5
LLIBS      += -L$(HDF5_ROOT)/lib -lhdf5_fortran
INCS       += -I$(HDF5_ROOT)/include

make DEPS=1 -j16 all

建立联系 本地和超算的 git

1. 创建初始 git, 超算

mkdir -p ~/myproject.git
cd ~/myproject.git
git init --bare

2. 本地仓库，创建连接

git remote remove origin
git remote add zcm6 "scg6928@ZC-M6@ssh.cn-zhongwei-1.paracloud.com:~/mysoft/pei/project/vasp_utils.git"
git remote set-url zcm6 "scg6928@ZC-M6@ssh.cn-zhongwei-1.paracloud.com:~/mysoft/pei/project/vasp_utils.git"
git remote add a8 "a8s000114@BSCC-A8@ssh.cn-zhongwei-1.paracloud.com:~/mysoft/pei/project/vasp_utils.git"
git add .
git commit "update"
git push zcm6 main

3. 设置裸仓库的默认分支, 在裸仓库中，手动将HEAD指向默认分支（例如main）：

cd /public3/home/scg6928/mysoft/pei/project/mymetal.git
git symbolic-ref HEAD refs/heads/main
cd /workdir/
rm -rf *
git clone /public3/home/scg6928/mysoft/pei/project/mymetal.git .

git remote -v
git remote remove origin
git remote add a8 /public3/home/scg6928/mysoft/pei/project/mymetal.git
git push --set-upstream a8 main

3.1 设置 .gitignore 忽略 __pycache__ 文件夹

  1. 创建或编辑 .gitignore 文件： 在项目的根目录中创建或编辑一个 .gitignore 文件，并添加以下内容：

    __pycache__/
*.pyc
*.pyo

    这会忽略所有 __pycache__ 文件夹以及 .pyc 和 .pyo 缓存文件。

  2. 移除已跟踪的 __pycache__ 文件夹： 如果 __pycache__ 文件夹已经被添加到仓库中，需要将其从版本控制中移除，同时保留在本地。运行以下命令：

    git rm -r --cached __pycache__

    该命令会从版本控制中移除 __pycache__ 文件夹，但不会删除本地文件。

  3. 提交更改： 提交 .gitignore 文件的更新，以确保所有协作者都忽略 __pycache__ 文件夹：

    git add .gitignore
git commit -m "Add .gitignore to exclude __pycache__ and other cache files"
git push origin main

4. 本地同步

git pull zcm6 main

myalloy 和 mymetal 安装

myalloy

pip install git+https://github.com/BinglunYin/myalloy_package.git

mymatal

pip install -e .

~/opt/bin/python3 pip3

dft
ln -s $(which python3) ~/opt/bin/python3
ln -s $(which pip3) ~/opt/bin/pip3
# change the activate

Github 配置

要设置这些 Git 别名和用户信息，您可以在终端中使用以下命令来配置。每条命令会单独设置一个配置项：

设置用户信息

git config --global user.name "ShengLin1001"
git config --global user.email "cumt_junpei@163.com"

配置常用的 Git 别名

git config --global alias.co checkout
git config --global alias.br branch
git config --global alias.ci commit
git config --global alias.st status

设置格式化的日志显示

这会创建一个 lg 别名，用于查看带有提交图、颜色和简洁格式的日志：

git config --global alias.lg "log --graph --pretty=format:'%Cred%h%Creset -%C(yellow)%d%Creset %s %Cgreen(%cr) %C(bold blue)<%an>%Creset' --abbrev-commit"

创建一些快捷别名

git config --global alias.unstage "reset HEAD --"
git config --global alias.last "log -1 HEAD"
git config --global alias.ac "!git add -A && git commit -m"

设置默认推送和拉取操作

配置push和pull的别名，使得 git push 和 git pull 直接作用于 origin/main 分支：

git config --global alias.push "push origin main"
git config --global alias.pull "pull origin main"

这些命令会将配置写入您的 Git 全局配置文件中（通常位于 ~/.gitconfig），使得这些别名和用户信息在所有项目中生效。这样可以加速您的日常 Git 操作并简化命令输入。

方法 3：使用 Git 的别名来简化操作

Git 允许设置别名，可以创建一个别名来简化多远程仓库的 push 和 pull 操作。

  1. 设置批量推送的别名：

    git config --global alias.pushall '!for remote in $(git remote); do git push "$remote" main; done'

    这样，在任何多远程仓库中只需运行 git pushall 即可推送到所有远程仓库。

  2. 设置批量拉取的别名：

    git config --global alias.pullall '!for remote in $(git remote); do git pull "$remote"
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